Introduction to Computational Proteomics - 9781584885559

Wprowadzenie do proteomiki obliczeniowej wprowadza dziedzinę biologii obliczeniowej poprzez ukierunkowane podejście, które obejmuje różne etapy i problemy związane z analizą, klasyfikacją i metaorganizacją białek. Książka rozpoczyna się od analizy poszczególnych jednostek i przechodzi przez analizę bardziej złożonych jednostek, od rodzin białek po interakcje, szlaki komórkowe i sieci genów. W pierwszej części książki przedstawiono metody identyfikacji elementów budulcowych przestrzeni białkowej, takich jak motywy i domeny. Opisano także algorytmy oceny podobieństwa białek w oparciu o analizę sekwencji i struktury, a także modele matematyczne, takie jak ukryte modele Markowa i maszyny wektorów nośnych, które służą do reprezentowania rodzin białek i klasyfikacji nowych instancji. Druga część obejmuje metody badające strukturę wyższego rzędu w przestrzeni białek poprzez zastosowanie algorytmów uczenia się bez nadzoru, takich jak klastrowanie i osadzanie. Książka bada także szerszy kontekst białek. Omawia metody analizy danych dotyczących ekspresji genów, przewidywania interakcji białko-białko, wyjaśniania szlaków komórkowych i rekonstrukcji sieci genów. Książka ta stanowi spójne i dokładne wprowadzenie do analizy proteomu. Oferuje rygorystyczne, formalne opisy wraz ze szczegółowymi rozwiązaniami i modelami algorytmicznymi. Każdy rozdział zawiera zestawy problemów z kursów prowadzonych przez autora na Uniwersytecie Cornell i Technion. Oprogramowanie do pobrania, zestawy danych i inne materiały są dostępne na stronie biozon.org