Introduction to Computational Proteomics - 9781584885559

Sissejuhatus arvutusproteoomikasse tutvustab arvutusbioloogia valdkonda keskendunud lähenemisviisi kaudu, mis käsitleb valkude analüüsi, klassifitseerimise ja metakorraldusega seotud erinevaid samme ja probleeme. Raamat algab üksikute üksuste analüüsiga ja läbib keerukamate üksuste analüüsi, alates valguperekondadest kuni interaktsioonide, rakuteede ja geenivõrkudeni. Raamatu esimeses osas esitatakse meetodid valguruumi ehitusplokkide, näiteks motiivide ja domeenide tuvastamiseks. Samuti kirjeldatakse algoritme valkude sarnasuse hindamiseks järjestuse ja struktuuri analüüsi põhjal, samuti matemaatilisi mudeleid, nagu varjatud Markovi mudelid ja tugivektori masinad, mida kasutatakse valguperekondade esindamiseks ja uute eksemplaride klassifitseerimiseks. Teine osa hõlmab meetodeid, mis uurivad kõrgema järgu struktuuri valguruumis järelevalveta õppealgoritmide, näiteks rühmitamise ja manustamise abil. Raamat uurib ka valkude laiemat konteksti. Selles käsitletakse meetodeid geeniekspressiooni andmete analüüsimiseks, valgu-valgu interaktsioonide ennustamiseks, rakuteede selgitamiseks ja geenivõrkude rekonstrueerimiseks. See raamat annab ühtse ja põhjaliku sissejuhatuse proteoomianalüüsi. See pakub rangeid ametlikke kirjeldusi koos üksikasjalike algoritmiliste lahenduste ja mudelitega. Iga peatükk sisaldab probleemikomplekte kursustelt, mida autor on õpetanud Cornelli ülikoolis ja Technionis. Tarkvara allalaadimine, andmekogumid ja muud materjalid on saadaval saidil biozon.org