Introduction to Computational Proteomics - 9781584885559

Ievads skaitļošanas proteomikā iepazīstina ar skaitļošanas bioloģijas jomu, izmantojot mērķtiecīgu pieeju, kas risina dažādus soļus un problēmas, kas saistītas ar proteīnu analīzi, klasifikāciju un metaorganizēšanu. Grāmata sākas ar atsevišķu entītiju analīzi un virzās cauri sarežģītāku entītiju analīzei, sākot no olbaltumvielu saimēm līdz mijiedarbībai, šūnu ceļiem un gēnu tīkliem. Grāmatas pirmajā daļā ir aprakstītas metodes proteīna telpas celtniecības bloku, piemēram, motīvu un domēnu, identificēšanai. Tajā ir aprakstīti arī algoritmi proteīnu līdzības novērtēšanai, pamatojoties uz secību un struktūras analīzi, kā arī matemātiskos modeļus, piemēram, slēptos Markova modeļus un atbalsta vektoru mašīnas, ko izmanto, lai attēlotu proteīnu ģimenes un klasificētu jaunus gadījumus. Otrajā daļā ir apskatītas metodes, kas pēta augstākas kārtas struktūru proteīna telpā, izmantojot nepārraudzītus mācību algoritmus, piemēram, klasterizāciju un iegulšanu. Grāmatā tiek pētīts arī plašāks olbaltumvielu konteksts. Tajā aplūkotas metodes gēnu ekspresijas datu analīzei, proteīnu-olbaltumvielu mijiedarbības prognozēšanai, šūnu ceļu noskaidrošanai un gēnu tīklu rekonstrukcijai. Šī grāmata sniedz saskaņotu un rūpīgu ievadu proteomu analīzē. Tā piedāvā stingrus, formālus aprakstus, kā arī detalizētus algoritmiskus risinājumus un modeļus. Katrā nodaļā ir iekļautas problēmu kopas no kursiem, kurus autors pasniedz Kornela Universitātē un Tehnikā. Programmatūras lejupielādes, datu kopas un citi materiāli ir pieejami vietnē biozon.org