Introduction to Computational Proteomics - 9781584885559

Įvadas į skaičiavimo proteomiką supažindina su skaičiavimo biologijos sritimi taikant kryptingą metodą, kuris sprendžia įvairius žingsnius ir problemas, susijusias su baltymų analize, klasifikavimu ir metaorganizavimu. Knyga pradedama nuo atskirų subjektų analizės ir tęsiasi analizuojant sudėtingesnius subjektus, nuo baltymų šeimų iki sąveikos, ląstelių kelių ir genų tinklų. Pirmoje knygos dalyje pateikiami baltymų erdvės statybinių blokų, tokių kaip motyvai ir domenai, identifikavimo metodai. Jame taip pat aprašomi baltymų panašumo įvertinimo algoritmai, pagrįsti sekos ir struktūros analize, taip pat matematiniai modeliai, tokie kaip paslėpti Markovo modeliai ir pagalbinės vektoriaus mašinos, kurie naudojami baltymų šeimoms atstovauti ir naujiems atvejams klasifikuoti. Antroji dalis apima metodus, kurie tiria aukštesnės eilės struktūrą baltymų erdvėje taikant neprižiūrimus mokymosi algoritmus, tokius kaip grupavimas ir įterpimas. Knygoje taip pat nagrinėjamas platesnis baltymų kontekstas. Jame aptariami genų ekspresijos duomenų analizės, baltymų ir baltymų sąveikos prognozavimo, ląstelių kelių išaiškinimo ir genų tinklų rekonstrukcijos metodai. Šioje knygoje pateikiamas nuoseklus ir išsamus įvadas į proteomų analizę. Ji siūlo griežtus, formalius aprašymus, taip pat išsamius algoritminius sprendimus ir modelius. Kiekviename skyriuje yra problemų rinkiniai iš kursų, kuriuos autorius dėsto Kornelio universitete ir Technione. Programinės įrangos atsisiuntimus, duomenų rinkinius ir kitą medžiagą galite rasti adresu biozon.org